במועצת תנועות הנוער פועלות וועדות שונות הכפופות להנהלה. לכל וועדה יו"ר משלה הנבחר לתקופת מסוימת. בראש הוועדה, בנוסף ליו"ר, ישנו נציג המועצה אשר אחראי על הובלת הוועדה, מעקב, פיקוח וביצוע ההחלטות המתקבלות בוועדה. ההחלטה בדבר הקמת וועדה חדשה נקבעת בהנהלת מת"ן בעקבות צרכים העולים מהשטח או התפתחות משמעותית של תחומים בחברה.
